Покровский монастырь был основан в 1635 году, изначально он был мужским. В 1870 году, по благословению святителя Иннокентия, митрополита Московского, обители был присвоен статус миссионерского. В стенах монастыря действовал первый в России Миссионерский институт, который за 9 лет подготовил и направил в сибирские епархии десятки миссионеров. Монастырь служил гостиницей для лиц, приезжавших в Москву по миссионерским делам. Он также задумывался и как место покоя (богадельня) для заслуженных миссионеров. Здесь планировалось разместить библиотеку и архив Православного Миссионерского общества, созданного святителем Иннокентием. К сожалению, со смертью святителя в 1879 году многие его начинания так и не получили продолжения. Однако до революции монастырь продолжал принимать в своих стенах миссионеров, для чего в 1893 году было построено отдельное здание гостиницы.
После закрытия монастыря в 1929 году в зданиях размещались различные организации, в бывшей гостинице – магазины, а на верхних этажах ОБХСС (отдел по борьбе с хищениями социалистической собственности).
К концу 1980-х годов здание гостиницы настолько обветшало, что его даже не стали ремонтировать, а предпочли снести.
24 ноября 1994 года Священный Синод принял решение о возобновлении Покровского монастыря в качестве женской монашеской обители. Настоятельница Покровского ставропигиального женского монастыря с 22 февраля 1995 года — игуменья Феофания (в миру Ольга Дмитриевна Мискина, род. 1965), в прошлом насельница Свято-Троицкого Дивеевского монастыря.
В 1996 г. правительство Москвы передало монастырю здания храмов и другие постройки, а так же и землю в бессрочное и безвозмездное пользование.
С 1998 года, когда в обитель по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II были перенесены мощи блаженной старицы Матроны Московской, ежедневно в монастырь стали приходить сотни паломников, чтобы поклониться ее честным останкам и попросить помощи.
2 мая 1999 года Матрона канонизирована как местночтимая святая Московской епархии. В октябре 2004 года состоялась ее общецерковная канонизация.
С 2005 года по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II возрождение началось на историческом месте монастырской гостиницы. 7 лет продолжались нелегкие работы по проектированию и согласованию во всех городских инстанциях проектно-сметной документации. Само строительство было начато с молебна в ноябре 2012 года.
Весь фундамент здания перед заливкой бетоном был посыпан лепесточками, освященными на мощах святой праведной блаженной Матронушки Московской.
Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл во время посещения Покровской обители внимательно знакомился с ходом строительных работ.
За два года здание было полностью возведено, еще около года продолжались внутренние отделочные работы. И наконец, к великой радости паломников, 23 июля 2015 года состоялось освящение и открытие воссозданной монастырской гостиницы. Символическую ленточку разрезали Святейший Патриарх Московский и всея Руси КИРИЛЛ, игумения монастыря игумения Феофания и председатель Попечительского совета комплексной целевой программы «Духовно-нравственная культура подрастающего поколения России» С.В. Медведева.